R ist unsynchronisiert, der kracht immer etwas, wenn die Wellen in Getriebe noch rotieren.
Die Vorwärtsgänge sind synchronisiert, beim einlegen "bremsen" die Synchronringe die Welle und der Gang geht sauber rein.
Wenn das alles sauber lauft und die Gänge ohne widerstand rein gehen, wenn der Motor aus ist, dann liegt es an der Kupplung, die nicht trennt und die Eingangswelle weiterdreht.
Hakt es auch wenn der motor nicht läuft, liegt das Problem im Getriebe oder dem Schaltgestänge. (In dem Fall hier vermutlich unwahrscheinlich...)
Ist die Kupplung selbst denn in Ordnung? Hatte auch schon eine defekte Druckplatte mit krummen Federn, da trennte das auch nicht sauber, selbst wenn der Hebel am Getriebe auf Endanschlag stand.
Die Druckplatte saß dann auch sichtlich schief, bzw die federn standen schon ungleich an dem Deckel mit der Klammer an.
Ein anderes mal hatte sich die Mitnehmer Scheibe zerlegt und die Kleinteile der Federn bzw des Tellers verklemmt im Schwungrad und der Druckplatte. Sowas würde ich hier aber mal ausschließen, da du ja alles nochmal zerlegt hattest, da wären kleine Metallteile in der Getriebeglocke aufgefallen.
War das Problem vor dem Motorumbau schon?